|
相关回复：
作者: abc6394490 发布日期: 2008-05-27
大家帮忙啊
这些天就想这些问题了，等着写论文呢:o
作者: jayeeliu 发布日期: 2008-05-28
大家怎么都不帮忙啊？
着急啊
作者: saitou 发布日期: 2008-05-28
No.1 你试试看用力场进行选择是不是可以（我蒙的）:D
No.2 这如果计算成功，只能找创腾的MS工程师来问问清楚了，软件设计和理论算法还是不一样的
No.3 把你要求解的角先用measure工具标记出来，然后选择这些角度的数字--建立set，对set再进行analyse就可以了
No.4 这个没见过，你再问问高人看
作者: abc6394490 发布日期: 2008-06-03
QUOTE: Originally posted by saitou at 2008-5-29 00:45:
No.2 这如果计算成功，只能找创腾的MS工程师来问问清楚了，软件设计和理论算法还是不一样的
这个其实很容易看到，就拿MS中自带的晶体结构，如氯化镁，你打开后就会开到其晶胞中不只一个镁，如果按个位置去算应该是对的，但用MS计算径向分布函数时选择原子体系就会出现问题
假如体系中应该有10个，但选择上的原子可能会是13个，计算径向分布函数有错误，和实验值差距很大，但数量正好的原子，就是选择的和体系中该有一样径向分布函数很准确，不明白为什么
望高手解答
作者: saitou 发布日期: 2008-06-03
想起来了：好像计算前去掉boundry condition，就是unbuild 掉晶体，将其变成非周期体系，再计算就不会有超出体系应有原子数的东东出现了。如果计算的部分靠近边界（<12埃？），重复几个cell，把计算部分置中即可
作者: abc6394490 发布日期: 2008-06-04
QUOTE: Originally posted by saitou at 2008-6-3 23:58:
想起来了：好像计算前去掉boundry condition，就是unbuild 掉晶体，将其变成非周期体系，再计算就不会有超出体系应有原子数的东东出现了。如果计算的部分靠近边界（<12埃？），重复几个cell，把计算部分置中即可 我试一下，这样应该是不行的，unbuild后，再进行优化晶体结构得到的新结构变化太大了，没有晶格参数的限制了
作者: saitou 发布日期: 2008-06-04
算我没说清楚：unbuild以后别再优化了，加边界优化好就该计算了。计算前去了边界再优化一次可不是要变化嘛。你不就是为了求分布函数吗，那是对当下结构有效的，即你计算完成后一个个取样的结构，哪能再优化呢。取样后原子位置都固定了，只要这个不变，分布就一定了，所以才需要把所选分子周围的空间填满（12埃以内）——用重复单元构建。
我说的“计算”是指计算分布函数，不是从优化开始的整个过程
不知这次说清楚没
[ Last edited by saitou on 2008-6-5 at 00:34 ]
作者: abc6394490 发布日期: 2008-06-06
QUOTE: Originally posted by saitou at 2008-6-5 00:27:
算我没说清楚：unbuild以后别再优化了，加边界优化好就该计算了。计算前去了边界再优化一次可不是要变化嘛。你不就是为了求分布函数吗，那是对当下结构有效的，即你计算完成后一个个取样的结构，哪能再优化呢。取 ... 呵呵
再去试下，应该是我没看懂
作者: lei0736 发布日期: 2008-06-10
其实就是在分析的时候只针对你算的块体 但是要应用周期边界 防止边界原子配位缺失造成RDF变形
| 